申请新能源车牌指标和普通车牌指标的主要区别在于申请条件、配置方式、以及配置比例等方面。以下是根据搜索结果整理的主要区别：

1. 申请条件：

• 新能源车牌指标的申请条件与普通车牌指标一致，需要满足一定的个人资格要求，例如持有有效的机动车驾驶证、名下没有北京市登记的小客车等。

2. 配置方式：

• 普通车牌指标通常通过抽签摇号的方式获得，而新能源车牌指标则采用排队方式，按照申请时间先后顺序进行轮候。

3. 配置比例：

• 根据2024年的通告，小客车指标配额为10万个，其中普通指标额度2万个，新能源指标额度8万个，新能源指标额度占比由去年的七成提升至八成。

4. 车辆更新：

• 个人持新能源小客车指标，只能购置新能源小客车，该小客车在出售、报废后，只能申请新能源小客车更新指标。而个人持有普通小客车指标，可以购置新能源小客车，该小客车在出售或报废后，可以申请普通小客车更新指标。

5. 家庭申请：

• 家庭申请新能源小客车配置指标的，按家庭总积分由高到低排序配置，总积分相同的家庭，以家庭申请人中最早在小客车指标调控管理信息系统注册时间的先后排序配置。而普通指标则是家庭和个人同池摇号。

6. 申请时间：

• 无论是新能源还是普通车牌指标，申请时间都是每年的1月1日至3月8日、8月1日至10月8日。

7. 政策倾斜：

• 近年来，北京市的政策越来越倾向于新能源小客车，新能源车的指标比例呈现持续上升的趋势。

需要注意的是，申请新能源车牌指标和普通车牌指标时，个人不能同时申请，只能选择其中一种指标类型进行申请。同时，随着政策的不断调整，具体的申请条件和配置方式可能会有所变化，建议申请人在申请前查阅最新的政策指南。