公司转让车牌后，需要准备以下法律文件：

1. 公司清算组负责人签署的注销登记申请书：这是公司申请注销登记的基本文件之一。
   

2. 人民法院的破产裁定、解散裁判文书，公司依照《公司法》作出的决议或者决定，行政机关责令关闭或者公司被撤销的文件：这些文件证明了公司解散的合法性。
   

3. 股东会、股东大会、一人有限责任公司的股东、外商投资的公司董事会或者人民法院、公司批准机关备案、确认的清算报告：清算报告是公司清算过程中的重要文件，需要提交给相关部门。
   

4. 《企业法人营业执照》：这是公司合法经营的基本凭证，注销时需要提交。
   

5. 机动车登记证书：在车辆转让过程中，机动车登记证书是证明车辆所有权的重要文件。
   

6. 机动车行驶证：这是车辆合法上路的凭证，转让时需要提交。
   

7. 属于海关监管的机动车，还应当提交海关监管车辆解除监管证明书或者海关批准的转让证明：如果车辆属于海关监管，需要这些文件来证明车辆可以合法转让。
   

8. 属于超过检验有效期的机动车，还应当提交机动车安全技术检验合格证明和交通事故责任强制保险凭证：这些文件证明了车辆的安全和技术状态，以及保险情况。
   

9. 车辆购置税纳税申报表：如果车辆因转让、改变用途等原因不再属于免税、减税范围，需要填报此表。
   

10. 车辆购置税退税申请表：如果已经缴纳车辆购置税的，纳税人向原征收机关申请退税时，需要填报此表。
    

11. 二手车销售统一发票：发生二手车交易行为时，需要提供此发票。
    

这些文件是公司转让车牌后，进行税务处理和车辆过户时必须准备的法律文件，以确保所有操作符合法律法规的要求。